Der neue Handlungsleitfaden für die Nationalparkverwaltung hat eine Gültigkeit von 2023 bis 2033 und besteht aus drei Bänden: Bestandesplan, Masterplan und Umsetzungsplan (Datenbank). Der Plan enthält spezifische Indikatoren für die Evaluierung der Maßnahmen.
Die rechtliche Grundlage für den Nationalpark ist die „Verordnung über den Alpen- und den Nationalpark Berchtesgaden in der Fassung der Bekanntmachung vom 16. Februar 1987. Zuletzt geändert am 10.7.2006“. Hier wird das Gebiet abgegrenzt, der Zweck des Nationalparks definiert, die für den Schutz notwendigen Ge- und Verbote festgelegt, Ausnahmen und Regelungen für die Befreiung von Verboten geregelt, sowie Aufgaben und Ziele der Nationalparkplanung und die Organisation festgeschrieben.
Die Verordnung des Landratsamtes Berchtesgadener Land über die Regelung des Radfahrens im Nationalpark Berchtesgaden vom 25. Mai 1992, zuletzt geändert am 12.04.2012, macht klar, auf welchen Straßen und Forstwegen im Nationalpark das Radfahren gestattet ist.
Das Landratsamt Berchtesgadener Land hat am 30. Juni 2021 eine Verordnung erlassen, die es untersagt, das Gebiet um die so genannten „Natural Infinity Pools“ am oberen Königsbach-Wasserfall zu betreten. Zweck dieses Verbotes ist es, die von Besuchern hervorgerufenen Schäden und Gefahren für die Tier- und Pflanzenwelt auszuschließen.
Das Landratsamt Berchtesgadener Land als untere Naturschutzbehörde erlässt auf Grund der Art. 31, Art. 43 Abs. 2 Nr. 3 und Art. 57 Abs. 2 Nr. 3 und Abs. 3 des Gesetzes über den Schutz der Natur, die Pflege der Landschaft und die Erholung in der freien Natur (Bayerisches Naturschutzgesetz - BayNatSchG - vom 23. Februar 2011 (GVBl. S. 82, BayRS 791-1-U), zuletzt geändert durch Gesetz vom 21. Februar 2020 (GVBl. S. 34)), folgende Verordnung.