Zur Erreichung der Ziele des Nationalparks sind unterschiedliche Maßnahmen notwendig – auch wenn das eigentliche Ziel ist, die Natur sich selbst zu überlassen.
gut beschilderte und sicher begehbare Wege sind die beste Maßnahme für die Besucherlenkung: Hier können Sie die empfindliche Natur erleben ohne zu stören.
Der Nationalpark bietet darüber hinaus mit seiner hochattraktiven Landschaftskulisse neben dem kontemplativen „Naturerlebnis“ vielfältige Möglichkeiten für eine ständig wachsende Zahl an sonstigen sportlichen und Freizeit-Aktivitäten und touristische Nutzungen:
Felsklettern, Skitourengehen, Schneeschuhwandern, Trailrunning, Gleitschirmfliegen, Höhlenklettern, Geocaching, Mountainbikefahren, Zeitraffer-Sterne- und Drohnenfotografie, Highlining und und und
Manche dieser Nutzungen sind im Nationalpark verboten: z.B. das Starten und Landen mit Luftfahrzeugen, also auch Drohnen, Gleitschirmfliegen und Basejumps, oder das Zelten und Campieren. Andere sind eingeschränkt: z.B. Radfahren nur auf dafür zugelassenen Wegen. Die meisten sind aber so neu, dass sie in den Rechtsgrundlagen gar nicht bedacht werden konnten.
All diese Nutzungen stellen ein Konfliktpotential mit dem vorrangigen Naturschutz dar, das durch die enorm rasche technische Entwicklung noch stetig zunimmt: neue Entwicklung wie bspw. Fat-Bikes kombiniert mit E-Bike ermögliche das Fahren auf Schnee, Moderne LED-Lampen ermöglichen Sport auch in der Dunkelheit. Die Nutzung von GPS zur Orientierung via Internet mit dem Handy immer und überall macht die „Wegweisende Beschilderung“ unwirksam, weil jeder - auch Ortsunkundige - jeden noch so kleinen Pfad finden und begehen kann. Zusätzlich entwickeln sich – getriggert durch das Internet – neue Verhaltensmuster unvorhersehbar und werden rasend schnell zu Massenphänomenen: z.B. das Aufsuchen besondere Orte um von dort spektakuläre Bilder zu posten.
All das erfordert ständige Anstrengungen um die Besucherlenkung zum Schutz der Natur kontinuierlich zusammen mit den Interessensvertretern (Tourismus, Alpine Verbände, Bergwacht, Naturschutzverbände, Gemeinden…) weiterzuentwickeln.
Die Wälder im heutigen Nationalpark unterlagen in der Vergangenheit einer intensiven Nutzung
Beides führte zu einer massiven Förderung der Fichte. Die natürlichen Baumarten der Bergmischwaldzone (Buche, Tanne, Ahorn usw.) waren weitgehend verschwunden und müssen nun wieder soweit etabliert werden, bis sie aus eigener Kraft an der natürlichen Waldentwicklung wieder teilnehmen. Deswegen werden vor allem Tannen nach wie vor noch gepflanzt. Da die „Großen Beutegreifer“ weiterhin fehlen, muss auch die Wilddichte auf ein Maß reguliert werden, das den Wildverbiss entsprechend eindämmt.
Ein besonderes Problem ist dabei das Rotwild — unser einziger „Großer Pflanzenfresser“: Unter natürlichen Bedingungen würden die Tiere das Hochgebirge im Winter verlassen und entlang der Flüsse in die Auenlandschaften ziehen. Diese Wanderungen sind durch die intensive Nutzung in den Talräumen und die Zerstörung der Auwälder seit vielen Generationen unterbrochen – seit der Hofjagdzeit war das gesamte Gebiet sogar eingezäunt. So dass diese Traditionen erloschen sind und die Tiere seither „unnatürlicher Weise“ im Gebiet bleiben und dort gefüttert werden müssen.
Der Borkenkäfer ist ein natürliches Element der Wälder im Nationalpark. Er trägt durch die Schaffung von Lücken im natürlichen Bergwald sehr zur Artenvielfalt bei. Deswegen darf er im überwiegenden Teil des Nationalparks frei wirken.
Allerdings stellt er für die unmittelbar angrenzenden Wirtschaftswälder eine potenzielle Gefahr dar. Deswegen wird er in einer rund 500 m tiefen Zone entlang des Nordrandes des Nationalparks innerhalb der Pflegezone konsequent bekämpft: speziell ausgebildete Fachleute beobachten dieses Gebiet kontinuierlich auf befallene Bäume. Diese werden dann rasch gefällt und mechanisch so behandelt, dass die Brut nicht mehr ausschlüpfen kann. So wird ein überspringen des Käfers in die Wirtschaftswälder wirkungsvoll verhindert. Das Totholz bleibt vorzugsweise im Wald.
Die Almwirtschaft hat als Kulturform eine sehr lange Tradition: im Berchtesgadener Land weisen historische Befunde darauf hin, dass sie bis in römische Zeit zurückreicht. Seither hat sich eine Kulturlandschaft entwickelt deren hohe Artenvielfalt wesentlicher Teil der Schutzgüter des Nationalparks ist. Bewirtschaftet werden die Flächen, auf Basis spätmittelalterlicher Berechtigungen von Landwirten aus dem Talkessel.