Gemäß § 6 der Nationalparkverordnung ist die Beobachtung und Erforschung der Natur ein zentrales Ziel des Nationalparks Berchtesgaden. Im Besonderen dient der Nationalpark als Referenzgebiet und Lernort für natürliche und weitgehend vom Menschen unbeeinflusste Ökosystemdynamik im Gebirge. Forschung und Monitoring im Nationalpark erfolgen in enger Kooperation mit der universitären Forschung und sind in bayerische, nationale und internationale Initiativen eingebettet.