Eine herausfordernde Aufgabe des Nationalparks ist es, die unterschiedlichen Ansprüche mit dem Schutz der Natur in Einklang zu bringen. Dieses ehrgeizige Ziel ist meist nicht gleichzeitig und nicht immer auf den gleichen Flächen umsetzbar. Daher wurde der Nationalpark räumlich in zwei Zonen eingeteilt: die Kern- und die Pflegezone.
Der größte Teil des Nationalparks – nämlich Dreiviertel, also 75% – nimmt die Kernzone ein. Sie ist der Herzstück des Nationalparks. Hier hat der Schutz der Natur in ihren natürlichen Abläufen Vorrang, ganz nach dem Motto: »Natur Natur sein lassen«. Die einzige „Nutzungen“ sind hier das Natur-Erleben und die Erhaltung der dazu nötigen Infrastruktur - alles natürlich im Einklang mit dem Schutzziel.
In der Pflegezone des Nationalparks finden traditionelle Nutzungen statt, zum Beispiel die Schifffahrt und Fischerei am Königssee oder auch die Almwirtschaft. Almen als wertvolle Kulturlandschaft mit einer großen Biodiversität können nur erhalten werden, wenn sie nachhaltig bewirtschaftet werden - so wie im Nationalpark Berchtesgaden.
In der Pflegezone des Schutzgebiets liegen außerdem große Waldbereiche, die jahrhundertelang intensiv als Salinenwälder genutzt wurden. Stark überhöhte Wildbestände aus Zeiten der Hofjagd erschwerten zudem die Naturverjüngung. Die historischen Nutzungen dieser Wälder als Brennstoffquelle für das Salzsieden folgte damals noch keinen nachhaltigen Grundsätzen. Aufgabe des Nationalparks ist es heute, diese Wälder in einen Zustand zu bringen, aus dem heraus sie sich wieder eigendynamisch zu gesunden Bergmischwäldern weiter entwickeln können.
In der Pflegezone grenzt der Nationalpark an sein Umland an. An dieser Schnittstelle findet ein Borkenkäfer-Management statt. Auch die touristischen Nutzungen des Nationalparks finden schwerpunkmäßig in der Pflegezone statt.