Der Nationalpark Berchtesgaden ist Teil der Nördlichen Kalkalpen und beheimatet auf einer Fläche von 210 km² eine artenreiche Bergnatur. Ganz im Südosten Bayerns gelegen ist er auf drei Seiten von den Salzburger Kalkhochalpen umgeben.
Das Schutzgebiet reicht von der submontanen Bergmischwaldstufe in den Tallagen über die montanen und hochmontanen Bergmischwälder hinauf zu den subalpinen Fichten-Lärchenwäldern. Eingestreut in diese Wälder liegen offene Almflächen mit blütenreichen Weiden: Eine vielfältige Kulturlandschaft, die von einer uralten, bis heute lebendigen Geschichte zeugt. In der subalpinen Stufe bewahrt der Nationalpark die bedeutendsten Lärchen-Zirbenwälder der nördlichen Ostalpen.
Die subalpinen Wälder gehen bergwärts in Latschengebüsche, Grünerlen- und Weidengebüsche, Zwergstrauchheiden, alpine Rasengesellschaften und Schneetälchen über. In den Hochlagen folgen Schuttfluren, Blockhalden, Firnfelder und die Felsen der Gipfelregion. Im Kar des Hochkalters liegen die Reste des Blaueisgletschers, dem nördlichsten Kleingletscher der Alpen. Eingestreut in fast allen Höhenstufen finden sich unterschiedliche Moortypen, Quellen und Bachläufe mit typischen Pflanzen- und Tierarten.
Während die schwer erreichbaren Wälder der Hochlagen bis heute sehr naturnah, teilweise urwaldartig erhalten sind, wurden die Wälder der gut erreichbaren Gebiete über Jahrhunderte intensiv zur Brennholzgewinnung für das Salzsieden und als Jagdrevier genutzt – zunächst durch die Fürstpröbste und später durch das bayerische Königshaus. Diese Wälder dürfen sich seit Gründung des Nationalparks – unterstützt durch zeitlich begrenzte Maßnahmen – wieder zu natürlichen Bergmischwäldern entwickeln.
Mit dem Königssee beherbergt der Nationalpark einen ganz besonderen See: Nach den großen Alpenvorlandseen und dem Walchensee hat er das fünft-größte Wasservolumen aller bayerischen Seen, aber wegen seiner großen Tiefe von über 190 m nur die zehnt-größte Seefläche. Dieses Verhältnis und die Tatsache, dass alle Zuflüsse aus unbesiedelten Berggebieten stammen, garantiert bis heute die Erhaltung als nährstoffarmer (oligotropher) See mit besonders hoher Wasserqualität.