Der Nationalpark Berchtesgaden kann auf eine lange Schutzgebietsgeschichte zurückblicken: Bereits 1910 wurde eine Fläche von 8.600 ha im südöstlichen Teil des heutigen Nationalparkgebietes als „Pflanzenschonbezirk Berchtesgadener Alpen“ ausgewiesen. Damit sollte vor allem der Handel mit Alpenpflanzen eingedämmt werden. Eine Erweiterung des Schutzgebietes auf rund 20.400 ha erfolgte im März 1921 mit der Ausweisung des „Naturschutzgebietes Königssee“.
Als Reaktion auf die Idee, den Watzmann mit einer Seilbahn zu erschließen, ergriff 1953 der Deutsche Naturschutzring mit der Forderung nach einem Nationalpark die Initiative. Im Europäischen Naturschutzjahr 1970 wurde diese Idee wieder aufgegriffen und mündete am 13.07.1972 in den Beschluss des Bayerischen Landtags, einen Bayerischen Alpenpark im Naturschutzgebiet Königssee zu planen.
Am 01.08.1978 war es dann endlich soweit: Die „Verordnung über den Alpen- und den Nationalpark Berchtesgaden“ trat in Kraft. Seit dem Jahre 1991 bilden der Nationalpark mit einer Größe von 20.808 ha und sein Vorfeld ein von der UNESCO anerkanntes Biosphärenreservat.