Der ausgeprägte Höhengradient im Nationalpark Berchtesgaden ist die Grundlage für eine sehr vielfältige montane bis alpine Tierwelt.
Gämse, Reh und Rothirsch sind die großen Pflanzenfresser des Nationalparks. Hinzu kommt mit dem Steinbock eine weitere, charakteristische Art des Schutzgebiets. Auf Almen und in den Hochlagen ist das Alpenmurmeltier regelmäßig anzutreffen. Die Prädatoren unter den Säugetieren sind durch Fuchs, Dachs, Hermelin, Fischotter, Stein- und Baummarder vertreten. Bär, Wolf und Luchs sind nach ihrer Ausrottung im 19. Jahrhundert noch nicht dauerhaft in die Berchtesgadener Alpen zurückgekehrt, mit durchziehenden Individuen kann aber jederzeit gerechnet werden. Während der Vegetationsperiode besiedeln Fledermäuse die Lebensräume des Nationalparks bis in hohe Lagen. Zu den bisher im Nationalpark nachgewiesenen Arten gehören Besonderheiten wie Kleine Hufeisennase und Wimperfledermaus, außerdem Mopsfledermaus, Großes Mausohr und Nordfledermaus.
Unter den Vögeln ist der Steinadler eine Charakterart des Nationalparks Berchtesgaden, im Schutzgebiet brüten regelmäßig vier Paare. Seit 2021 werden im Klausbachtal jährlich junge Bartgeier ausgewildert - im Rahmen eines internationalen Projekts zur Wiederansiedlung des großen Aas- und Knochenfressers in den Alpen. Der kleine Zwergschnäpper ist in geschlossenen, reich strukturierten und buchenreichen Beständen der Bergmischwaldstufe zuhause. Als Borkenkäferspezialist erreicht der Dreizehenspecht im Nationalpark hohe Populationsgrößen. Von natürlichen Störflächen im profitieren auch Arten wie Wendehals und Grauspecht, die lichte, totholzreiche Wälder besiedeln. Der Weißrückenspecht ist in totholz- und laubholzreichen Beständen zu finden. Der Schwarzspecht besiedelt Wälder bis in die hochmontane Stufe und ist durch die Schaffung von Höhlen von großer Bedeutung, die von anderen Arten wie Rauhfuß- und Sperlingskauz genutzt werden. Auch die größte Eulenart im Naturraum, der Uhu, lebt im Nationalpark.
Auer- und Haselhuhn profitieren ebenfalls vom hohen Strukturreichtum in den Wäldern des Nationalparks. Im Bereich der oberen Waldgrenze in den Latschenfeldern und alpinen Rasen sowie auf Almflächen ist das Birkhuhn regelmäßig anzutreffen. Hier nistet auch die Ringdrossel. Der Birkenzeisig ist typisch für höher gelegene, lichte Lärchenbeständen. Auf den alpinen Rasen brüten Bergpieper und in felsdurchzogenen Bereichen die Alpenbraunelle. Typische Arten der Felsregionen sind das Alpenschneehuhn, der Schneesperling und der Mauerläufer.
Die Herpetofauna beinhaltet unter anderem Alpen- und Feuersalamander, Bergmolch, Berg- und Zauneidechse, Schlingnatter und Kreuzotter. In Bächen findet man Vorkommen der Mühlkoppe und im Königssee Renken, Seesaiblingen und Seeforelle.
Die Arthropodenfauna des Nationalparks ist äußerst artenreich. Als Indikatorarten für strukturreiche Waldbestände mit urwaldartigem Charakter gelten die sogenannten Urwaldrelikarten, totholzbewohnende Käferarten mit sehr hohen Habitatansprüchen. Im Nationalpark aktuell nachgewiesen wurden unter dieser Gruppe Reiters Rindenkäfer (Synchita separanda), Rindeschröter (Ceruchus chrysomelinus) und Schaufelkäfer (Prostomis mandibularis), sowie die FFH-Arten Scharlachkäfer (Cucujus cinnaberinus) und Alpenbock (Rosalia alpina).
Die alpinen Lebensräume beherbergen hochspezialisierte Laufkäferarten oder die für die Ostalpen endemische Spinnenart Mughiphantes variabilis. Die alpinen Rasengesellschaften und Almen, aber auch die tiefer gelegenen natürlichen Offenlandlebensräume, bieten typischen Heuschreckenarten wie der Rotfügeligen Schnarrschrecke und der Gewöhnlichen Alpenschrecke, aber auch seltenen alpinen Arten wie der Sibirische Keulenschrecke ein Zuhause. Die Schmetterlingsfauna beinhaltet einige sehr seltene Arten wie den Apollo ) und den schwarzen Apollo sowie über 600 Nachtfalterarten mit dem extrem seltenen Augsburger Bär.
Die Wirbellosen des Nationalparks sind je nach taxonomischer Gruppe unterschiedlich gut untersucht. Bei vielen Gruppen führen gezielte Erhebungen regelmäßig zu einer Reihe von Neufunden von Arten, deren Vorkommen im Nationalpark bis dahin nicht bekannt war. Die Artenliste der Wirbellosen im Nationalpark wird aktuell intensiv erforscht und fortgeschrieben.
Aktuell kann nur ein kleiner Teil der wahrscheinlich vorkommenden Arten nachgewiesen werden. Im Rahmen der Grunderfassung im Biodiversitätsmonitorings wird derzeit an einer ersten Inventarliste gearbeitet.